El intensivo programa de conservación para salvar a la vaquita, enfocado en una sola especie y basado en las reglas del marcado, se da luego de décadas de cambios ecológicos en la región. Estos cambios están asociados a la reducción masiva del flujo de agua dulce proveniente del río Colorado, asi como también a la expansión de diferentes mercados comerciales de pesca, reestructuración económica de la región, cambios políticos radicales y conflictos relacionados con la pesca en sí. El actual intento por salvar a la vaquita  forma parte de una historia de políticas contradictorias y conflictivas, procedimientos legales arbitrarios, corrupción y una participación social limitada. Un recuento de esta historia resulta imprescindible para entender cómo el programa de conserv­ación de la vaquita interactúa con, e influye en el sistema socio ecológico mas amplio del Alto Golfo. Está historia también nos obliga a preguntarnos si estos esfuerzos de conservación cuestionados a nivel local e inciertos, conducirán a la pérdida de tradiciones culturales críticas relacionadas con la pesca local y el conocimiento ambiental, a medida que los pescadores se ven obligados a abandonar sus medios de vida dependientes de la pesca?

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Tal cuestionamiento está ligado tambien a un número creciente de casos a nivel mundial en donde el manejo conservacionista enfocado en una sola especie, carismática y en peligro de extinción, sin una atención mas amplia hacia el ecosistema, resulta en la perdida de formas de vida, pobreza y el eventual desplazamiento de las poblaciones locales.